「我不但為這些人祈求，也為那些因他們的話信我的人祈求， 使他們都合而為一；正如你父在我裡面，我在你裡面，使他們也在我們裡面，叫世人可以信你差了我來。你所賜給我的榮耀，我已賜給他們，使他們合而為一，像我們合而為一。 我在他們裡面，你在我裡面，使他們完完全全地合而為一，叫世人知道你差了我來，也知道你愛他們如同愛我一樣。（約17:20-23）
在神的心意裡，所有用主的寶血買贖回來的基督徒都應該是合而為一的。然而，基督徒的成長過程都是從習慣了的屬肉體生活，慢慢改變成隨從聖靈管理的生活。我們也從按照自己喜好的生活，在主裡慢慢長成習慣按照神的心意來生活。在這個過程中，一起成長的基督徒自然越來越一起「合」到神那裡。這是最好，最自然的「主裡合一」。
在腓立比教會裡，因為一些愛主的人彼此之間有些不同心，估計引起教會裡面一些「暗湧」。有些支持這個，有些認同那個，有些徬徨、有些觀望等等，彼此之間出現了「貌合神離」的情況。教會在這種情況下，整體和基督徒個人的靈性都會受影響，神的同在在聚會中也會減少。所以保羅寫信勸勉他們：「所以，在基督裡若有甚麼勸勉，愛心有甚麼安慰，聖靈有甚麼交通，心中有甚麼慈悲憐憫， 你們就要意念相同，愛心相同，有一樣的心思，有一樣的意念，使我的喜樂可以滿足。 凡事不可結黨，不可貪圖虛浮的榮耀，只要存心謙卑，各人看別人比自己強。 各人不要單顧自己的事，也要顧別人的事。 你們當以基督耶穌的心為心。」（腓2:1-5）
一般人都是接近自己喜歡的人，共同興趣或愛好的人，共同背景、習慣和語言的人。有人以為在教會裡面也這樣做，就叫做「合一」了。其實這樣反而容易出現不同的「群組」，容易造成隔膜。其實聖經的教導是「在真道上合一，一同認識神的兒子」。神眼中的合一不是從「彼此」開始，而是從我們與祂合一開始。「一同住在主裡面，主也在我們裡面」，才是神把我們合一的途徑。基督徒的成長過程是從「自我」到「在主裡」。在自我裡面的「合群」不是主裡面的合一。我們的追求方向是認識神的兒子，各樣的事情都盡量按照我們所認識的來討神喜悅。這樣，我們自然就慢慢地看到，一些本來不是太接近的肢體，也在主裡慢慢地「靠近」起來。不知不覺地，神就在我們裡面做了合一的工作。
…為要成全聖徒，各盡其職，建立基督的身體。直等到我們眾人在真道上同歸於一，認識神的兒子，得以長大成人，滿有基督長成的身量。（弗4:12-13）